O controle interno é aquele exercido pelo próprio ente fiscalizado, no exercício da autotutela. Trata-se de um conjunto de atividades, planos, métodos e procedimentos que visam a assegurar o cumprimento das leis, normas e regulamentos, a eficiência e eficácia da gestão, a economicidade nos gastos públicos, a regularidade das contas e a salvaguarda dos bens e valores públicos.

Na Constituição Federal, o controle interno é tratado no art. 74, que estabelece que os Poderes Legislativo, Executivo e Judiciário manterão, de forma independente, sistema de controle interno, com a finalidade, notadamente, de: a) avaliar o cumprimento das metas previstas no plano plurianual, a execução dos programas de governo e o desenvolvimento das atividades da administração; b) comprovar a legalidade e a regularidade dos atos de gestão, a eficácia e a eficiência da gestão orçamentária, financeira e patrimonial nos órgãos e entidades da administração direta e indireta, quanto à observância das normas legais, o cumprimento dos programas de governo e a economicidade na aplicação dos recursos públicos; e c) apoiar o controle externo no exercício de sua missão institucional.

No exercício do controle interno sobre o transporte escolar, a União, Estados e Municípios devem se atentar, primordialmente, para os seguintes aspectos:

• Legalidade: os veículos devem estar em conformidade com a legislação de trânsito, como possuir documentação regular, equipamentos obrigatórios e condutores habilitados;
• Regularidade: os contratos de transporte escolar devem ser celebrados em conformidade com a legislação e as normas estabelecidas pelo ente público, verificando também as condições dos veículos e habilitação dos motoristas;
• Eficiência: o transporte escolar deve ser prestado de forma eficiente, garantindo a segurança e o conforto dos alunos;
• Economia: o transporte escolar deve ser prestado de forma econômica, evitando gastos desnecessários, de modo que os itinerários devem sejam seguros e adequados.

Para tanto, faz-se necessário o arquivamento de toda a documentação relativa ao processo licitatório referente a serviços de transporte escolar, inclusive de sua fase interna; registro atualizado de cada prestador de serviço, com todas as informações relativas ao contrato; registro atualizado das rotas, composição de preços, calendário letivo, escolas e respectivos alunos; registros de ocorrências e/ou fatos relevantes observados na execução dos contratos; monitoramento do serviço e promoção da transparência.

A fim de orientar o exercício do controle interno sobre o transporte escolar, o Tribunal de Contas do Estado de Pernambuco editou a Resolução nº 06/2013.